Nhật Bản là một nước theo hệ thống quân chủ lập hiến, quyền lực của Hoàng đế (天皇 (Thiên hoàng), Tennō?) vì vậy rất hạn chế. Theo hiến pháp, Thiên hoàng được quy định là một "biểu tượng của Quốc gia và của sự hòa hợp dân tộc" mang tính hình thức lễ nghi. Quyền điều hành đất nước chủ yếu được trao cho Thủ tướng và những nghị sĩ do dân bầu ra.[51] Đương kim Thiên hoàng Naruhito đứng đầu Hoàng gia Nhật Bản; cháu trai ông, Du Nhân Thân vương, là người trong danh sách tiếp theo kế vị triều đại Ngai vàng Hoa cúc.

Cơ quan lập pháp dân cử của Nhật Bản là Quốc hội (国会, Kokkai?), đặt trụ sở tại Chiyoda, Tokyo. Quốc hội hoạt động theo cơ chế lưỡng viện, trong đó Hạ viện (衆議院 (Chúng Nghị viện), Shūgiin?) có 480 ghế, được cử tri bầu chọn sau mỗi bốn năm hoặc sau khi giải tán, và Thượng viện (参議院 (Tham Nghị viện), Sangiin?) có 242 ghế, được cử tri bầu chọn cho nhiệm kỳ sáu năm và cứ mỗi ba năm được bầu lại một nửa số thành viên. Quyền bầu cử theo nguyên tắc phổ thông đầu phiếu thuộc về mọi công dân Nhật Bản trên 18 tuổi không phân biệt nam-nữ, trong đó áp dụng phương thức bỏ phiếu kín tại tất cả đơn vị bầu cử. Các nghị sĩ quốc hội chủ yếu là người của Đảng Dân tiến có khuynh hướng tự do xã hội và Đảng Dân chủ Tự do có khuynh hướng bảo thủ. Đảng Dân chủ Tự do đã liên tiếp giành thắng lợi trong các cuộc tổng tuyển cử kể từ năm 1955, ngoại trừ hai giai đoạn từ năm 1993–1994 và từ năm 2009–2012. Đảng này chiếm 294 ghế trong Chúng Nghị viện và 83 ghế trong Tham Nghị viện.

Thủ tướng Nhật Bản (内閣総理大臣 (Nội các Tổng lý Đại thần), Naikaku sōri daijin?) là người đứng đầu chính phủ do Quốc hội chọn ra từ các nghị sĩ thành viên và được Thiên hoàng sắc phong. Thông thường người đứng đầu một đảng chính trị chiếm đa số ghế trong Quốc hội sẽ được giới thiệu giữ chức Thủ tướng. Thủ tướng lãnh đạo nội các và có thể chỉ định hay bãi nhiệm Bộ trưởng Quốc vụ. Sau chiến thắng áp đảo của Đảng Dân chủ Tự do trong cuộc tổng tuyển cử năm 2012, Abe Shinzō thay thế Noda Yoshihiko giữ chức Thủ tướng từ ngày 26 tháng 12 năm 2012[52] và trở thành Thủ tướng Nhật Bản thứ sáu tuyên thệ nhậm chức trong vòng sáu năm của đất nước này. Mặc dù việc bổ nhiệm Thủ tướng được tiến hành một cách chính thức bởi Thiên hoàng, Hiến pháp Nhật Bản quy định những người được Thiên hoàng bổ nhiệm vào vị trí này đều phải theo sự chỉ định của Quốc hội.[51]

Mặc dù trong lịch sử đã từng chịu ảnh hưởng bởi luật pháp Trung Quốc, luật pháp Nhật Bản đã phát triển một cách độc lập trong thời Edo qua các thư liệu như Kujikata Osadamegaki.[53] Tuy nhiên, từ cuối thế kỷ XIX, hệ thống tư pháp đã dựa sâu rộng vào luật châu Âu lục địa, nổi bật là Đức. Ví dụ: vào năm 1896, chính phủ Nhật Bản đã ban hành một bộ luật dân sự dựa theo bản thảo Bürgerliches Gesetzbuch Đức; bộ luật này vẫn còn hiệu lực đến ngày nay qua những sửa đổi thời hậu Chiến tranh thế giới thứ hai.[54] Luật thành văn do Quốc hội soạn và được sự phê chuẩn của Thiên hoàng. Hiến pháp quy định Thiên hoàng ban hành những điều luật đã được Quốc hội thông qua, mà không trao cho vị vua quyền hạn cụ thể nào để bác bỏ dự luật.[51] Hệ thống cơ quan tư pháp Nhật Bản chia thành bốn cấp bậc: Tòa án Tối cao (最高裁判所 (Tối cao Tài phán Sở), Saikō-Saibansho?) và ba cấp tòa án thấp hơn.[55] Chánh Thẩm phán Tòa án Tối cao do Thiên hoàng sắc phong theo chỉ định của Quốc hội, trong khi các Thẩm phán Tòa án Tối cao do nội các bổ nhiệm. Trụ cột của pháp luật Nhật Bản gọi là Lục pháp (六法, Roppō?, Sáu bộ luật).[56]